O Root tem leitura / gravação universal para tudo. Período.
Os proponentes do Windows gostam de reivindicar seu sistema de autenticação porque ele não tem uma conta "deus" e até mesmo administradores locais podem ser explicitamente negados.
Você não pode negar ao root qualquer acesso a qualquer coisa no sistema local.
Depois de alguns comentários, fiquei pensando que você poderia estar procurando uma maneira de não escrever para a história do bash. Você poderia fazer isso assim: link
Colocando o HISTFILE indefinido em seu bashrc para aqueles que não querem seguir o link.