Se o MPEG for reproduzido, mas estiver faltando áudio quando você o reproduzir no seu Mac, então parece que o codec de áudio é o que você precisa para isso. Quando você exporta do PC, que codec de áudio você usa para os MPEGs? Se você não sabe, você pode examinar os MPEGs com MediaInfo para descobrir.
Quanto aos WMVs, eles sempre ficarão um pouco confusos em um Mac. No entanto, vou dizer que usamos Flip4Mac em nossa loja com resultados bastante bons ao longo dos anos .
Você nunca deve (ou raramente, pelo menos) codificar várias vezes para alcançar o formato de destino. Toda vez que você vai para um formato intermediário, você perderá qualidade das múltiplas compressões.