A sua é uma versão do PPA, que é provavelmente semelhante à versão oficial. Veja abaixo, do Precise (Ubuntu 12.04):
$ dpkg --list ffmpeg ii ffmpeg 4:0.8.1-0ubuntu1 Multimedia player, server, encoder and transcoder (transitional package) $ apt-cache policy ffmpeg ffmpeg: Installed: 4:0.8.1-0ubuntu1 Candidate: 4:0.8.1-0ubuntu1 $ ffmpeg ffmpeg version 0.8.1-4:0.8.1-0ubuntu1, Copyright (c) 2000-2011 the Libav developers built on Mar 22 2012 05:09:06 with gcc 4.6.3 .....
Para reinstalar a versão oficial sobre a versão do PPA, você pode usar o script ppa-purge
(instale o primeiro!) ou, se já tiver excluído o PPA, use
sudo apt-get install ffmpeg=4:0.8.1-0ubuntu1
Você pode ter que jogar uma chave --reinstall
lá se falhar.