As senhas do MySQL são armazenadas dentro do banco de dados "Mysql" dentro do próprio MySQL.
Eles estão na tabela mysql.user (coluna "Password").
Você precisaria mover os arquivos do banco de dados para outro local antes de reinstalar o MySQL.
Se você não quiser seus bancos de dados existentes, basta excluir os arquivos.
Não sei onde eles são colocados no Windows. Os arquivos são * .MYI, * .MYD e * .frm se você quiser procurá-los.