Eu não sei o que poderia fazer com que o Synergy caísse porque uma aplicação específica está focada. Você provavelmente terá que executar o servidor Synergy no modo de depuração e observar a saída quando o programa problemático estiver focalizado. Isso pode lançar alguma luz sobre o que está acontecendo do ponto de vista da Synergy.
Possivelmente algum tipo de superposição que impede que o Synergy injete eventos de entrada.