Conversões como essa geralmente são mais problemáticas do que valem a pena. Você provavelmente ficará melhor apenas limpando /usr etc. e reinstalando do zero. Espero que o seu /home esteja em uma partição separada (em uma instalação bem feita), então você não terá que apagar suas configurações e dados pessoais. Naturalmente, você deve apoiá-los como precaução.
BTW, o Gentoo Linux também é construído a partir da fonte e também possui o software mais recente listado aqui.