O problema é que o Centro de Software não usa as configurações de Proxy em todo o sistema, então você precisa configurá-lo separadamente.
Os fóruns do Ubuntu ( link ) sugerem que você precisa:
- Defina http_proxy, ftp_proxy e Variáveis https_proxy no bash.bashrc
- Definir configurações de proxy em /etc/apt/apt.conf
- Definir configurações de proxy em conexões de rede - > Proxy em Configurações do sistema
Mais informações podem ser encontradas na barra de lançamento: aqui e aqui