Eu abordaria isso escrevendo um script. Ruby tem uma biblioteca IMAP, e eu suponho que Perl e Python façam o mesmo se eles forem mais do seu agrado.
Aqui está um corte bruto e não testado em Ruby (que você precisará instalar em sua máquina Windows para usar) baseado em um exemplo dos documentos IMAP aqui
imap = Net::IMAP.new('mail.example.com')
imap.authenticate('LOGIN', 'joe_user', 'joes_password')
imap.examine('INBOX')
imap.search(["NEW", "FROM", "example.from", "SUBJECT", "example subject"]).each do |message_id|
body = imap.fetch(message_id, "BODY[TEXT]")[0].attr["BODY[TEXT]"]
File.open('path to file', 'a') { |f| f.write(body) }
end
Você pode alterar os parâmetros passados para a pesquisa, conforme necessário, para identificar suas mensagens. Instale o ruby, salve este script como um arquivo de texto e configure-o para ser executado como uma tarefa agendada a cada poucos minutos e você deve obter seu arquivo de texto com o corpo da mensagem.