Se o instalador for um instalador MSI e ele foi gravado para permitir a instalação por usuário, ele deverá "apenas funcionar". Quando o usuário não administrador executa o instalador, ele é instalado no modo por usuário. Se a sua conta de administrador executasse o instalador, ele normalmente teria a opção de instalar para todos ou apenas para esse usuário.
O problema não é todos os instaladores serem MSI. E nem todos os MSIs são escritos para permitir a instalação por usuário. Dependendo do software, pode nem ser possível fazer uma instalação por usuário, independentemente do tipo de instalador.
Por fim, o conjunto de aplicativos com o qual isso funcionará é bem pequeno. A maioria dos desenvolvedores assume que o usuário terá privilégios administrativos na máquina no momento da instalação e que desejará que todos os usuários da máquina tenham acesso.