Mestre / escravo eram as duas "metades" do antigo canal PATA, duas unidades por canal, com apenas uma leitura / escrita de cada vez. Os sistemas padrão teriam dois canais, então você poderia ter quatro unidades PATA. Com o SATA, é um drive por canal e geralmente mais canais, como quatro; ainda assim, quatro unidades, mas mais simples.
Geralmente, você só pode inicializar um mestre PATA; mas você pode inicializar qualquer SATA (por padrão, o menor número de canal). Além disso, era uma má idéia colocar drives que iriam de um para o outro no mesmo canal PATA master / slave, porque somente um drive naquele canal poderia estar funcionando de cada vez. Mas ainda funcionaria. Algumas placas-mãe também emulam um controlador PATA com dois canais / drives SATA - algo que você não precisa ou não quer, mas ainda deve funcionar.
Você não diz exatamente qual é o problema. O computador reconhece a unidade MyBook? Será que - imagino que seja identificado como algum tipo de drive "WDC" - seja listado pelo BIOS na inicialização? Em caso afirmativo, tente desconectar a unidade "principal" e conectar apenas o MyBook com os mesmos cabos (você conhece o SATA e o trabalho de energia). Com apenas um drive conectado, você deve ser capaz de saber se está recebendo energia e girando.
Ou será que o sistema operacional (Windows? Qual?) não reconhece? Nesse caso, inicialize um CD do Linux e veja se ele detecta a unidade.