quando você inicia o vim, muitas vezes (dependendo da sua situação) é carregado no diretório atual do VIM. Faça um :!dir<Enter>
para ver em qual diretório ele está e se você vê o arquivo.
Para alterar seu diretório atual, faça um :cd c:\path\to\dir
e, em seguida, faça um :w filename
e verá que ele deve funcionar corretamente.