Os passos que você descreveu estão basicamente corretos. Embora, se você tiver espaço no computador para 2 discos rígidos ou um gabinete externo adequado, você pode instalar uma nova cópia do Win7 no novo disco e simplesmente copiar seus arquivos do antigo.
Mas se valer algum esforço tentar salvar sua configuração existente e você conseguir restaurar a configuração antiga para o novo disco, veja isto (em ordem):
Como reparar arquivos do sistema Windows 7 com o Verificador de arquivos do sistema
Como faço para executar um reparo de inicialização ou reparar a instalação do Windows? .
Mas, pessoalmente, eu optaria por começar de novo, em vista dos problemas que você mencionou.