Eu pude descobrir o que está acontecendo. A lentidão é proporcional à quantidade de arquivos que alguém está compartilhando.
A única solução até agora é reduzir o número de arquivos compartilhados.
Estou usando o eMule há anos, tanto no Windows 98 quanto no XP, e sua interface sempre foi bastante rápida. No entanto, desde que fiz o upgrade para o Windows 7 64bit, notei que o eMule demora muito para a inicialização (2 a 3 minutos) e há um congelamento perceptível quando me conecto a um servidor e2dk (cerca de 30 segundos).
Eu testei em 2 computadores diferentes e é sempre o mesmo. Alguém tem alguma ideia sobre o que está acontecendo?