Esse é um tópico muito antigo, mas se as pessoas ainda estiverem interessadas em fazer isso, criei recentemente um bookmarklet que lê um URL em PDF (precisa ser um URL público, não atrás de um paywall) e extrai o resumo bibliográfico referências como um arquivo BibTeX ou arquivo .RIS (Endnote)
Os documentos citados não precisam necessariamente estar em uma seção denominada 'Referências' no final do artigo, eles também podem estar em notas de rodapé.
As ferramentas são chamadas de bookmarklet de Scholarcy e você pode obtê-lo aqui: