Os diretórios criptografados do eCryptFS (quando usados assim) só são acessíveis pelos usuários que os montam, e é claro que o MySQL não roda como seu usuário ...
Você pode querer montar um eCryptFS a partir do fstab ou talvez usando uma partição criptografada do LUKS. Claro, você terá que digitar uma senha em cada inicialização, então ...