Se você não estiver usando o JRE 1.4.2, desinstale-o. Você não mencionou qual sistema operacional está usando, então pode haver algum problema relacionado ao SO que precisa de atenção especial. Por exemplo, em novas versões do Ubuntu você tem que executar
sudo update-alternatives --config java
para configurar o java.
Se o 1.6.21 estiver no seu caminho e o java -version no terminal reportar o que você escreveu, verifique seu caminho. 1.4.2 está nele antes de 1.6.21. A solução óbvia é remover a versão antiga do caminho ou colocar uma nova antes do antigo.