Você verificou se a saída de som padrão usada pelo sistema é a mesma do Spotify?
Pode ser a origem do seu problema.
Se não, alterar o volume tem algum efeito no Spotify? (quando você move o controle deslizante de volume na barra de tarefas do sistema)?
A propósito, deve ser útil se você nos informou qual ambiente de desktop você está usando. :)