A ordem de classificação é por diretório. Se várias janelas mostrarem o mesmo diretório, a alteração de uma ordem de classificação mudará todas. No entanto, isso não afeta outras pastas.
Além disso, isso não tem nada a ver com "organização de arquivos", são as preferências de exibição do Finder. E eles não podem ser mudados da maneira que você parece querer.