O download do Adobe Reader 9.3.0 do site da Adobe não é a última versão disponível. Tente verificar se há atualizações no menu de ajuda e veja se a atualização para o 9.3.3 muda alguma coisa.
Você também pode tentar um leitor de PDF alternativo, como o foxit (que tem um plug-in PDF para o chrome).
Você estava sempre executando a versão beta do Chrome ou acabou de atualizar agora para ver se ela resolveu o problema?