Para uma solução rápida para apaziguar sua irmã, troque os discos ao redor, para que o antigo seja mestre. Faça uma partição de inicialização do Linux no disco e você não deverá ter mais problemas.
O Windows provavelmente não estará muito interessado em ser movido. O primeiro problema é que o sistema de inicialização do Windows decide qual instalação do Windows será inicializada a partir da lista de discos / partições na máquina. Então, se ele está exect para inicializar a partir da primeira partição no primeiro disco, ele vai ter problemas de inicialização a partir da primeira partição no segundo disco (o disco rígido antigo) ou o segundo (? Você diz que começa no setor 2048 ) partição na nova unidade. Tente preservar a configuração do disco que o Windows conhece ou você pode tentar editar os arquivos boot.ini .