Para evitar a reinicialização do seu PC, execute um dos sistemas operacionais em uma máquina virtual. Se você tiver uma conexão permanente com a Internet, configure seu PC para que possa usar o ssh (e possivelmente https, se tiver um uso para ele) para conectá-lo a partir do seu laptop quando não estiver em casa. Então, sempre que você estiver, se tiver acesso à Internet, poderá acessar o sistema operacional host em seu PC. Isso simplificará sua vida.
Para qualquer arquivo supostamente idêntico em todas as máquinas, a menos que você tenha acabado de editá-lo, o Unison é uma boa escolha. Eu recomendo isso em um serviço de terceiros, como o Dropbox, porque você não está dependendo do ISP e do site do Dropbox para trabalhar quando você quer sincronizar o material.
Para anotações e todos, um wiki é realmente uma boa ideia. Seu problema de lentidão definitivamente não é um problema com todos os softwares wiki (basta olhar para o tamanho da wikipedia; o software deles é o mediawiki, que é empacotado no Ubuntu).
No Linux baseado em Debian / Ubuntu, o comando dpkg --get-selections imprime a lista de pacotes instalados (mais precisamente, a lista de pacotes que você pediu para instalar). Você pode importar essa lista em outro computador com dpkg --clear-selections; dpkg --set-selections < other_computer_selections_file; apt-get install '.
Por último, mas não menos importante, recomendo o uso de um sistema de controle de versão (o subversion ou o git são bastante populares atualmente, mas há outras opções). É preciso aprender um pouco no começo, mas é uma boa maneira de organizar seus dados. Um sistema de controle de versão tornará difícil substituir um arquivo por uma versão mais antiga e informará se você editou inadvertidamente um arquivo em paralelo em máquinas diferentes. Um benefício adicional é que você poderá recuperar versões mais antigas de um arquivo se excluir algo por engano e não perceber imediatamente. Depois de configurar, o fluxo de trabalho do dia-a-dia é bastante rotineiro: checkout / edit / commit (para subversão) ou pull / edit / commit / push (para git). Instale e ative também etckeeper para colocar a configuração do sistema Linux ( /etc ) sob controle de versão.