Olhando para a saída do terminal para gedit
(que também mostrou comportamento similar), notei esse erro:
(gedit:12801): dconf-WARNING **: failed to commit changes to dconf:
GDBus.Error:org.gtk.GDBus.UnmappedGError.Quark._g_2dfile_2derror_2dquark.Code2:
Failed to create file '/home/username/.config/dconf/user.FV01IX': Permission denied
Acontece que ~/.config/dconf
era de propriedade do root. Chore de volta para username:username
e tudo está consertado agora.