A desativação dos efeitos da área de trabalho altera o gerenciador de janelas de compiz para metacity.
As configurações entre os dois gerenciadores de janela separados são independentes, e é por isso que a funcionalidade mudou aqui.
Para definir a roda do mouse para alternar entre os desktops, não é uma coisa óbvia para fazer, mas você pode alterá-lo no gconf.
Pressione Alt + F2 para abrir uma caixa de diálogo de comando de execução e digite gconf-editor. Pressione voltar.
Use a navegação em árvore à esquerda para procurar apps / metacity / global_keybindings / switch_to_workspace_left e apps / metacity / global_keybindings / switch_to_workspace_right.
Esses valores precisam ser definidos para Button4 (para a roda do mouse para cima) e Button5 (para a roda do mouse para baixo), respectivamente.
Encontrei algumas informações aqui isso pode ajudar.