Uma solução que encontrei sozinha. Eu uso a máquina virtualbox ubuntu também como synergyclient.
eu fiz:
- Reconfigure o arquivo .synergy.conf que meu desktop win7 está pronto e a máquina virtual do ubuntu é deixada.
- desative a 'integração do mouse' com a máquina virtualbox ubuntu
- execute o synergyc na máquina virtual do ubuntu
Agora posso ir até o Win7 e sair para o sistema Ubuntu e todas as chaves estão funcionando.
Espero que haja outra solução no futuro