Eu não tenho tanta experiência com controladores RAID de hardware quanto com o software RAID, mas certamente é possível criar um array RAID1 em um estado degradado no RAID de software do Linux.
Eu diria, portanto, que pelo menos algumas soluções de hardware permitiriam isso. Lembro vagamente de ler sobre um determinado controlador sendo capaz de converter uma única unidade em uma matriz RAID1 (sem perder dados ao longo do caminho), desde que houvesse uma pequena quantidade de espaço particionado no final da unidade de origem para que o controlador pudesse armazenar seus dados de matriz sem danificar o fim de um sistema de arquivos, mas isso foi há alguns anos (era Windows NT4 / 2000) e não pode encontrar a referência agora (ou lembrar qual controlador estava sendo falado, pode tem sido um produto IBM ServerRAID como na época eu gerenciei algumas máquinas que usavam estes). Isso forneceria sua estratégia de reconstrução (crie o novo sistema em uma unidade não RAID, instale a outra como um RAID1 degradado, copie os dados, limpe a unidade e use o recurso "single disk - > array" se houver para reconstruir, sincronizando nessa unidade).
Embora você não tenha armazenamento reserva do tamanho necessário para sua matriz, você tem unidades menores em torno das quais você poderia usar para experimentar? Remova as unidades atuais, crie um sistema simples com as unidades pequenas e adicione outros dados, depois tente o procedimento de reconstrução e veja se o controlador se comporta como você deseja.
Eu estaria inclinado a fazer um backup completo antes de iniciar qualquer procedimento desse tipo, mesmo que eu tenha testado o procedimento em outras unidades primeiro. Se você já tem um bom arranjo de backup, então você deve ser capaz de apenas reconstruir as unidades sem a bagunça adicional (e restaurar os dados do backup depois). Se não, então esta é uma oportunidade para você fazer o primeiro backup completo, você provavelmente levará menos tempo também.