Camilo Martin
Você não poderá codificar o H.264 para swf porque, como mencionado, o swf suporta gráficos vetoriais. Você não pode codificar H.264 usando o contêiner flv (usando ffmpeg, etc) porque os autores intencionalmente evitam isso por motivos de copyright. Você teria que comprar licenças H.264 para codificar para flv. (O YouTube tem o H.264 flv porque eles compraram a licença para fazer isso.)
A melhor coisa que você pode fazer é codificar seu arquivo para o h.264 mp4 container e criar ou usar um swf player e incluir metadados e tags XML para transmitir o arquivo mp4. É como usar o H.264 flv e o JWPlayer é ótimo para fazer isso com o Flash Player 10.
Isso funcionou muito bem para mim !!!