Suas máquinas virtuais não devem ser tocadas com a desinstalação do software de virtualização - você pode até fazer um backup da pasta inteira apenas para ter certeza.
No entanto, você tem algum problema com outras máquinas virtuais? Em caso afirmativo, é mais provável que isso seja um problema com o software de virtualização e a reinstalação deve ajudar.
Se, no entanto, é apenas com esta máquina virtual, pode ser um problema que não pode ser reparado por meio da reinstalação. Eu recomendaria a reinstalação do Windows dentro de uma nova VM e tente mapear / montar o disco rígido VMDK / Virtual e extrair seus dados do Quickbooks do mesmo.