Sim, os modelos do InDesign funcionam somente no InDesign. Em geral, qualquer programa que ofereça um recurso de modelo usa um tipo de arquivo proprietário que não pode ser analisado por outros programas. Não sei exatamente o que você está tentando fazer, mas vou dizer que a transferência entre várias partes do conjunto da Adobe é possível, dependendo dos formatos de arquivo com os quais você está trabalhando e qual é o seu objetivo final.