O único motivo para transferir janelas de um controlador de disco rígido para outro (nova placa-mãe) é usar o sysprep. Este software remove todos os drivers e configura o sistema para detectá-los novamente na próxima reinicialização. Programas não relacionados ao hardware geralmente não impedem que isso aconteça. Qual versão do sysprep você está usando? Ele muda de vez em quando, então você deve sair e baixar novamente o pacote mais recente.
Uma vez que você o tenha, dê uma olhada neste guia prático para o sysprep para ter certeza de que está fazendo certo.
Deve-se notar que o sysprep se destina a ser usado com versões completas do Vista. Se você atualizou este sistema do Windows XP, geralmente não funcionará.
Além disso, ofereça ao seu usuário uma caixa de sapatos e, sempre que conseguirem um novo software, coloque-o na caixa com os códigos de licença. Se eles fizerem o download de algo, peça que gravem uma cópia no disco. Os instaladores de software devem ser tratados como dados e copiados para que você não tenha esse problema no futuro. Isso não ajuda você agora, mas boas práticas facilitam a vida de todos.
Boa sorte