Sim, o problema não está no Click To Flash, mas no YouTube. Para esse vídeo em particular, o YouTube ainda não criou, ou talvez nunca, o arquivo h264. Pelo que notei, isso acontece especialmente em novos vídeos, quando você clica no ícone da pequena engrenagem e apenas carrega o flash e tudo funciona conforme o esperado.
Às vezes, pode demorar um pouco mais para o Quicktime começar a armazenar em buffer, dependendo do espelho em que o vídeo está sendo retirado, e também pode aumentar o atraso que você está vendo.