Isso acabou sendo consertado em duas partes. Primeiramente, eu fiz o download do Inbox Extender , que adiciona Marcar tudo como lida e Delete All para o menu do bolso do Outlook. Em seguida, usando Mark all Read se livrou do SMS não lido (mas não o MMS).
Então, da próxima vez que outra pessoa me enviou uma mensagem MMS, isso pareceu fazer a contagem não lida de MMS ser redefinida corretamente.
Fantasmas na máquina!