Parece que você pode ter corrompido o MBR. Primeiramente, eu recomendaria o backup de seus dados. Em seguida, tente inicializar a partir de um CD do instalador do Windows e inserindo R para entrar no console de recuperação. Uma vez em, dê a estes comandos uma ordem nesta ordem:
bootrec /RebuildBCD bootrec /FixBoot bootrec /FixMBR