Eu não sou um usuário do Windows, mas se a opção / r ou / s remover recursivamente os subdiretórios, você deve verificar se o diretório .git oculto (no Linux) também foi excluído. É lá que o git armazena todas as suas informações e, talvez, se o .git ainda estiver presente no seu diretório, você ainda está vendo o repositório.