O Raid6 pode estar causando alguns dos seus problemas. Mude para raid 10 se puder e veja se melhora. O link mostra uma redução de desempenho de ~ 15% com o raid6 sobre o raid1. O ataque 10 deve ser consideravelmente mais rápido. Existem também casos de uso em que o raid6 tem um efeito mais perceptível. link
Não descarte falha de hardware, esse servidor é bem antigo. Eu rodaria um memtest e veria se você tem problemas. Talvez um disco rígido esteja falhando, eu verificaria os logs do SMART. Os sistemas operacionais foram otimizados ao longo dos anos, então há uma chance de que alguns também o façam.