Para responder à sua pergunta diretamente: você pode automatizar seu processo usando um script escrito em vbscript ou jscript no Windows Scripting Host, criando scripts que iniciem os aplicativos relevantes e os contole por meio de SendKeys. Veja alguns exemplos aqui , aqui , e muitos outros lugares (procure por" vbscript sendkeys "ou similar em <insert search engine name here> ). Infelizmente, os comentários sobre a documentação da Microsoft para sendkeys ( encontrados aqui ) sugerem que isso não funcionará no Vista.
Qual é a sua necessidade particular de ter os documentos no formato SWF? A resposta para isso pode lhe trazer algumas sugestões de outras maneiras de alcançar seu objetivo, caso o software que você está procurando atualmente não exista.
Se você deseja publicar documentos para que possam ser lidos por usuários da Web que podem não ter o processador de texto relevante ou outro leitor de documentos (como o Acrobat Reader para o qual você pode converter os documentos em PDF), pode ser capaz de usar uma instância incorporada do visualizador de documentos do Google. Isso funciona sem nenhum aplicativo cliente ou plug-in extra (você só precisa do Javascript ativado no navegador), mas ainda precisará converter os documentos para o formato PDF, pois ele não suporta nenhum formato de processador de texto diretamente e disponibilizar o PDF online em algum lugar. Veja esta página para um exemplo .
Mais um ponto que pode ajudar a obter respostas relevantes: você pode descrever o conteúdo dos documentos em questão? São todos texto, alguns gráficos ou muito gráficos? Algumas páginas cada uma ou centenas? Qual é o tamanho inicial dos documentos (antes da conversão) e os tamanhos resultantes que são muito grandes?