A partir de 3.0, eu diria que há algum aplicativo que pode fazer isso, mas o aplicativo de relógio padrão não pode. Eu recomendaria pesquisar na App Store por aplicativos de alarme e apenas ler as descrições.
Observação: Embora possa haver um aplicativo que possa fazer isso, a desvantagem é que ele não pode ser executado em segundo plano, ou seja, você teria que deixar o aplicativo de relógio em execução o tempo todo.
Se você estiver procurando por um despertador real, a iHome tem alguns despertadores que suportam o uso de uma lista de reprodução personalizada como seu alarme quando o iPod está encaixado. Eu usei um por um tempo com a minha primeira geração do iPod Touch.