Embora você não tenha especificado o comando exato que está sendo executado e, como tal, é difícil dizer com certeza, suponho que seu comando imprime para o descritor de arquivo de erro padrão (também conhecido como stderr) do que stdout.
Os redirecionamentos > file
ou | tee file
somente redirecionam o stdout, mas não o stderr.
2>&1 > file
não faz o que você está procurando. Ele primeiro redireciona o erro para onde stdout está no momento, que é o seu emulador de terminal, e então redireciona o stdout (e somente stdout, não stderr) para um arquivo.
Você pode usar 2>file
para redirecionar stderr ou trocar os dois redirecionamentos no exemplo anterior: >file 2>&1
para redirecionar os dois fluxos para o mesmo arquivo. A ordem é importante, pois eles são avaliados da esquerda para a direita. Desta vez, você primeiro redireciona a saída para o arquivo e, em seguida, o erro para a localização atual da saída (que já é esse arquivo).