Você pode usar o programa ffmpeg para criar uma nova cópia do arquivo de vídeo com uma faixa de áudio diferente marcada como padrão. O ffmpeg está disponível para Windows, Mac e * NIX. É um programa de linha de comando, então será preciso um pouco de experimentação e trabalho para fazê-lo fazer o que você quer. Você também pode precisar usar o comando ffprobe primeiro para obter uma listagem de todas as faixas (chamadas fluxos no ffmpeg) para descobrir exatamente qual delas você deseja.
Para evitar uma redução na qualidade e economizar muito tempo recodificando o vídeo (não o que você quer), você pode definir o codec para as faixas "copiar" e usar apenas a opção -map para Reordene as faixas e / ou a opção -disposition para desativar certas faixas por padrão e habilitar determinadas faixas por padrão.