Você precisa verificar e ver se os seus discos estão realmente falhando. Existem ferramentas de linha de comando para monitorar dados SMART (que são dados que o hd informa sobre sua própria saúde).
sudo apt-get install smartmontools gsmartcontrol
Gsmartcontrol é uma versão gui da mesma ferramenta e é muito fácil de usar. Selecione o disco e execute um teste curto ou longo, além de visualizar os erros que o hd está relatando.
Para executar via linha de comando, faça o seguinte
sudo smartctl -i /dev/sda
Verifique se o SMART está ativado. Se não,
sudo smartctl -s on /dev/sda
Finalmente, corra
sudo smartctl -a /dev/sda
ou se for uma unidade serial serial.
sudo smartctl -a -d ata /dev/sda
Veja este link para mais informações sobre smartmontools. link