Com tela de toque tradicional é uma questão do motorista. Normalmente você pode configurá-los como deslocamento ou como posição absoluta (você quer o último). Então você só precisa fazer a calibração para saber onde você está tocando. Só vejo possíveis problemas se sua área de trabalho estendida estiver configurada como uma tela longa em vez de duas telas (o que é bastante incomum atualmente).