Se você não conseguir encontrá-los, basta fazer backup deles ou copiá-los para algum tipo de unidade externa. Eu recomendaria o download de uma avaliação gratuita do antivírus para verificar tudo, para que você saiba que o backup não contiver vírus.
Além disso, não tenho certeza se uma reformatação é o que você precisa. O formato Hardrive não afeta muito a velocidade, se você tiver um PC ou algum amigo experiente em tecnologia, um SSD (Solid State Drive) pode melhorar drasticamente a velocidade por um preço baixo. Muitas vezes pode ser uma ótima maneira de acelerar o seu computador antigo