Se você não quiser criar e manter uma instalação que possa ser alterada ao adicionar ou remover programas favoritos, outra opção é salvar os programas instalados usando o synaptic, a linha de comando ou um recurso no Centro de Software. + Ubuntu chamado "Sincronização entre computadores".
Se você usa o centro de software, ele tem um recurso no menu "Arquivo" chamado "Sincronizar entre computadores", onde você pode usar sua conta do Ubuntu One para manter os aplicativos sincronizados entre vários computadores. AskUbuntu tem instruções para isso.
Se você usa synaptic, existe uma opção no menu File para "Save Markings" e "Read Markings". Isso salvará todos os programas instalados em um arquivo.
Na linha de comando, também há uma maneira de fazer isso. Existe um artigo do AskUbuntu que explica este processo.
Infelizmente, nenhum desses métodos instalará qualquer coisa que tenha sido instalada manualmente, em vez de usar o repositório. Mas há desvantagens em qualquer método.