Eu vou lhe dizer como eu fiz no bash, e talvez você possa traduzi-lo.
Eu uso pdfunite
(um pouco mais direto que pdftk
), mas depois de descobrir a sintaxe, é bastante fácil.
for AFILE in 'ls 2016*AAA*.pdf'
## For each of the files starting with 2016_AAA
do
BFILE='echo $AFILE | sed -e 's/AAA/BBB/''
## I use stream editor to replace the AAA with BBB and define the
## new file name. You can probably use SUBSTITUTE in Win
pdftk $AFILE $BFILE cat output OUTPUT-$AFILE
## This will combine $AFILE and BFILE into OUTPUT-AFILE
done
Espero que isso dê a você um começo.