É extremamente improvável que qualquer fabricante de ventiladores use um fio vermelho para negativo e preto para positivo.
Mas eu tenho que dizer isto: a menos que você possa encontrar um número de modelo exato, você não pode ter certeza se o fã leva 12 volts ao invés de 5. Ou algo totalmente diferente.
A fonte de alimentação antiga da qual o ventilador veio ainda funciona? Se assim for, conecte o ventilador onde estava e verifique a polaridade em seus pinos de alimentação com um voltímetro.
Caso contrário, basta conectá-lo de maneira padrão a uma fonte de alimentação e ver o que acontece. Fontes de alimentação de PC são extremamente difíceis de matar. O ventilador em si provavelmente estaria ok se alimentado por inversão também. E se não for ... o que você perdeu, realmente? Os fãs do case são baratos.