Desculpe, minha reputação aparentemente não permite que eu comente, embora tenha sido mais apropriado, já que estou pedindo para você verificar algo primeiro.
De qualquer forma, minha pergunta é: você está usando o mesmo nome de usuário ao usar o console e a GUI?
Você poderia ter feito login como root ao usar o console, enquanto sua interface gráfica seria registrada usando outro nome de usuário, que pode não ter os direitos necessários na pasta em que você está tentando gravar os arquivos?
Depois, você deve garantir que você concedeu os direitos necessários ao usuário da GUI (adicionando a conta de usuário a um grupo relevante, por exemplo).
Essa é provavelmente a razão mais comum para os arquivos não serem gravados onde você os espera ao usar o Linux.