Eu enfrentei o problema semelhante depois de atualizar para o Mac OS X (Yosemite) no meu Macbook. Eu nunca usei o KeyTweak, então não posso ajudá-lo com isso. Mas se você quiser, pode usar Mosquetão para lidar com esse problema. Com o Karbiner, tudo o que você precisa fazer é remapear o comando para a opção e opção para o comando APENAS para teclados externos e qualquer dispositivo externo que não seja da Apple.