Eu realmente não tenho certeza qual é o problema de sua referência e, para ser honesto, eu me pergunto se você está sofrendo de um caso de "Um pouco de conhecimento ...". Os discos rígidos acumulam dados mortos, mas é improvável que seja de qualquer tipo, enquanto o sistema de arquivos está fazendo o seu trabalho. Ainda menos em um SSD em que os tempos de busca são essencialmente nulos.
De qualquer forma, o que você está procurando é praticamente o padrão - você quer apenas um software que faça um arquivo ciente do sistema de arquivos e uma cópia da partição - em vez de um pouco para a cópia forense. Este último leva MUITO MUITO mais e raramente é o padrão.
O CloneZilla deve fazer o que você precisa, mas também qualquer software de clonagem pronto para o consumidor.