Eu tentei diferentes tipos de software, incluindo algumas ferramentas de exclusão recursivas. Em todos os casos, o software caiu.
Consegui excluir a pasta, instalando uma versão do Ubuntu em um dispositivo USB, inicializando-a no Ubuntu e excluindo-a pelo terminal usando o parâmetro recursivo (-r). Demorou entre 5-10min para o computador excluir a pasta (incrível, pois continha apenas pastas e 300kb de dados).
Após a reinicialização, o Windows sentiu a necessidade de reparar o Windows. Recebi uma notificação dizendo que o Windows não conseguiu reparar, mas quando eu reiniciei tudo, tudo estava funcionando perfeitamente.