Talvez o projeto de código aberto md5deep possa ajudar você ( link ). Suporta o cálculo recursivo de vários digestões hash (incluindo MD5) de conteúdo dentro de um caminho. O programa também suporta a possibilidade de você fornecer uma lista (preta) de MD5s para correspondência.
Você precisa acessá-lo nas várias máquinas da rede e solucionar algumas soluções de comunicação entre as máquinas.