Tente usar nomes de caminhos completos.
NODE_BIN="/home/admin/Desktop/DeepFlow/server/bin/node"
SERVER_JS="/home/admin/Desktop/DeepFlow/server/js/server.js"
echo "Starting DeepFlow"
$NODE_BIN $SERVER_JS
;;
Além disso, seria bom verificar qual usuário está iniciando o servidor. Se ele for executado na inicialização, o proprietário será 'root'.